Danke für die Antwort - dann werde ich ab jetzt die verschiedenen Versionen mit eigenen Konfig-Dateien starten (der Weg über Parameter in der Verknüpfung ist die beste Lösung, so kann man veschiedene Konfigurationen fix starten), auch wenn dies bedeutet etwaige Änderungen dann mehrfach vornehmen zu müssen. Besonders bei der 'Nightly' 2.2 scheint sich an einigen Stellen schon einiges geändert zu haben.
Ausserdem werde ich nun sofort die 3 Konfigurationsdateien unter C:\Users\#Nutzer\AppData\Roaming\vlc regelmäßig sichern - falls mal wieder etwas schief läuft merkt man so recht schnell ob es an den Einstellungen lag.