Problem gelöst!
Für alle die es interessiert: der "Fehler" war, dass in Windows die Monitore übereinander angeordnet waren, sodass man mit der Maus nach oben zieht, um zu wechseln. Das verstand der VLC aber nicht. Monitore nebeneinander angeordnet und schon war das Problem gelöst.
Vielleicht etwas, was man noch implementieren könnte, denn manchmal macht es einfach Sinn, die Monitore vertikal anzuordnen.