Ob und was sich geändert hat kann ich nichts sagen. Da die Konfigurationseinstellungen aber User-bezogen sind, und eben normalerweise auch nicht gelöscht werden, muss man ja nur ein einziges mal am Anfang die Frage nach den Updates und Scan nach Medieninformationen beantworten.
Vielleicht hat sich aber bei den letzten Updates der Aufbau der Config so geändert dass VLC diese dann löscht, weshalb dann erneut das Fenster angezeigt wird. Bei der Verwendung der offiziellen MSI von VLC selbst blieb bei mir das Config-File jedenfalls erhalten nachdem ich VLC wieder gelöscht oder von 3.04 auf 3.0.6 aktualisiert hatte.